Le projet Rzine

Rzine est un projet exploratoire de la Fédération de Recherche CIST. Son objectif est de contribuer à l’apprentissage et à la pratique de R en sciences humaines et sociales, en favorisant le partage, la production et la diffusion de ressources. Ce projet collaboratif et interdisciplinaire s’étend au-delà des équipes partenaires de la FR CIST et tente de répondre à un besoin commun à de nombreuses unités de recherche.

Démarré en 2018, les activités du projet ont évolué. Après un travail de référencement de ressources libres et gratuites sur l’utilisation du langage R, les membres du projet concentrent aujourd’hui leur travail sur le pilotage d’une revue d’articles de méthodes, mises en application avec le langage R.

Un langage polyvalent et interdisciplinaire au service de la science ouverte et reproductible

C’est en 1992 que Robert Gentleman et Ross Ihaka de l’université d’Auckland se lancent dans le projet de développement du langage de programmation pour l’analyse de données R. Ils cherchent alors à développer un environnement pour le calcul scientifique plus performant que l’existant. Trente ans plus tard, R s’est imposé comme une référence en matière d’analyse de données. Sa communauté de développeur·euses et d’utilisateur·rice·s connaît une croissance impressionnante depuis plusieurs années, et ce langage s’est peu à peu imposé comme une référence pour l’analyse de données en sciences humaines et sociales. Aujourd’hui, la pratique de ce langage est enseignée à l’université dans de nombreuses disciplines (sociologie, économie, géographie, démographie, archéologie…) et son utilisation dépasse le seul domaine de la recherche.

R est gratuit, open-source et fonctionne sur tous les systèmes d’exploitation. À la différence d’un logiciel « clic-bouton », R permet de mettre en place des chaînes de traitement uniques et adaptées, facilement diffusable et reproductibles. Ce langage permet ainsi de s’inscrire pleinement dans le courant de la science ouverte et de la recherche reproductible.

Favoriser le partage de connaissances sur la pratique de R

Le projet Rzine a démarré par la prospection et le référencement de ressources et d’initiatives sur l’utilisation R en SHS. L’exploration de la documentation existante et de la communauté d’utilisateur·rice·s a permis de constater plusieurs choses :

• Le nombre et la diversité de ressources et d’initiatives, anglophones et francophones, sont déjà importants;
• L’accès à ses ressources éparses n’est pas forcément évident pour un·e débutant·e;
• La diffusion de ses ressources semble souvent cloisonnée à un groupe d’utilisateur·rice·s ou à une discipline;
• Le notebook (article exécutable, document computationnel, etc.) est un format très utilisé et parfaitement adapté à la production de documentation sur un langage de programmation.

Ce constat a fait émerger une nouvelle ambition au sein du projet : offrir un espace de publication de notebook, normalisé et valorisé, pour favoriser la diffusion de la pratique de R dans un périmètre pluridisciplinaire.

La revue d’articles de méthodes Rzine

C’est à partir de 2019 que les membres du projet Rzine se sont lancés dans la création d’une revue d’articles en format notebook, qui permet de valoriser des traitements et des analyses reproductibles réalisés avec R. La revue Rzine offre ainsi la possibilité de publier des articles de méthodes, ancrés dans une thématique de SHS et mises en application en R de manière intelligible. Chaque article fait l’objet d’une évaluation thématique et technique par les pairs ouverte, qui assure sa pérennité et son intérêt pour les différentes disciplines de SHS.

Les publications acceptées sont éditées en format HTML, associées à un DOI et référencées sur HAL. Leur stockage et diffusion sont assurés par le site web du projet.

La création de cet espace de publication, innovant pour les SHS du monde francophone, est un moyen de contribuer activement à la diffusion de bonnes pratiques en matière de science ouverte et de recherche reproductible, en promouvant l’utilisation des notebook et la pratique de la programmation lettrée.

Promouvoir la pratique du literate programming et l’utilisation du notebook

Le choix du notebook comme format de publication de ces articles méthodologiques est inhérent au contenu qu’ils présentent. Parfois nommés « article exécutable » ou « document computationnel » en français, les notebooks sont très utilisés en science des données, que ce soit pour la production de documentation, la formation et l’enseignement ou encore le travail collaboratif.

Ils permettent de combiner des sections en langage naturel et des sections en langage informatique. Le notebook permet ainsi d’appliquer correctement le paradigme de la programmation lettrée préconisé par Donald Knuth dans les années 1970 pour répondre aux enjeux de la recherche reproductible. .

Cette approche de la programmation est au cœur du concept de la revue Rzine. Le code diffusé dans les articles de méthode se doit d’être avant tout intelligible et facilement réutilisable, plus que performant.

Après avoir utilisé la technologie Rmarkdown (package R) pour les premières publications, les articles de méthodes Rzine reposent désormais sur le système de publication scientifique et technique Quarto. Un modèle de mise en page est mis à disposition sur GitLab.

Les forges logicielles au centre du processus éditorial

Le format original des publications (notebook) a demandé la mise en place d’un processus éditorial spécifique et l’utilisation d’outils adaptés. Ainsi, l’ensemble des processus d’évaluation et d’édition sont réalisés via le service web d’hébergement et de gestion de développement de logiciels GitHub.

L’utilisation des logiciels de gestion de versions décentralisé n’étant pas généralisé en sciences humaines et sociales, les membres du projet Rzine s’engagent à accompagner les auteur·es dans le processus de dépôt et d’évaluation de leur article. Au-delà de sa vocation à offrir un espace de publication innovant, ce projet tente aussi de participer à son échelle, au développement de l’utilisation des humanités numériques.

Un projet communautaire et interdisciplinaire

L’animation et l’évolution du projet Rzine repose aujourd’hui sur l’implication personnelle de membres issues de différentes disciplines et unités de recherche. L’avenir du projet (et de sa revue) dépend de la communauté d’utilisateur·rices R en sciences humaines, sociales qu’il réussira à attirer, rassembler voire même impliquer dans cette aventure…